連江縣唐以前行政區劃已無從稽考。唐代為上縣(唐代縣的等級分為赤、畿、望、緊、上、中、下七等)。設5個鄉：寧善、永福、太平、名聞、五賢，計轄20個里。

　　宋代，連江為望縣。設7個鄉，轄24個里。增加2個鄉為：寧善鄉分為東、西寧善2個鄉，永福鄉分為永福和南永福2個鄉。

　　元代，東、西寧善2個鄉又合并為一，南永福鄉改為永福鄉，原永福鄉分為4個都，全縣仍設5個鄉，轄21個里、4個都。

　　明清沿襲舊制，只個別調整。至清末，全縣仍設5個鄉，轄20個里、4個都，里、都之下共設42個圖，計有500多個自然村落。

　　民國初沿襲清制。1929年，全縣設8個區，轄149個鄉（附鄉396個）。1935年推行保甲制度，全縣設3個區署，轄55個聯保（后調整為40個）、487個保、4891個甲。1940年，聯保改為鄉鎮公所，全縣設31個鄉鎮、290個保、2951個甲。1941年4月，連江被日本侵略軍占領，因縣財政拮據，逐漸撤銷區署。鄉鎮縮編至15個（竿塘、西洋淪陷未編）。1945年9月，抗戰勝利后重新編查，增設荻壺、竿塘、西洋3個鄉，全縣計18個鄉鎮、177個保、2252個甲。到1949年8月連江解放時，全縣設18個鄉鎮、178個保、2226個甲。

　　新中國成立后，連江始設6個區，基層保甲暫時不動。1950年，開始基層民主建政，至1952年結束，全縣設10個區、123個鄉鎮。1956年，擴大區鄉規模，設5個區、69個鄉鎮；1958年，鄉鎮數增加到74個。當年9月，除南竿、北竿、東引3個保留鄉建制暫寄筱埕、黃岐外，其余71個鄉先合并為17個鄉鎮，然后成立17個人民公社，實行政社合一，取消區、鄉建制。公社下轄生產大隊115個、生產小隊461個。此后，社、隊規模頻繁調整。至1983年，全縣計設18個公社、254個生產大隊、3532個生產小隊。1984年，撤銷人民公社體制，相繼建立18個鄉鎮人民政府，原農村生產大隊一律改建為村民委員會，城鎮街道改建為居民委員會。此后鄉鎮村建制基本穩定，略有變動。至2022年底，全縣除馬祖列島尚待統一外，共設22個鄉鎮、269個村（居）民委員會。鄉鎮分別為：鳳城鎮、敖江鎮、江南鎮、東湖鎮、浦口鎮、東岱鎮、曉澳鎮、琯頭鎮、潘渡鎮、小滄畬族鄉、丹陽鎮、蓼沿鄉、長龍鎮、透堡鎮、馬鼻鎮、官坂鎮、坑園鎮、下宮鎮、筱埕鎮、安凱鄉、黃岐鎮、苔菉鎮。